Ton Koopman wurde in den Niederlanden in Zwolle geboren. Er studierte Orgel, Cembalo und Musikwissenschaft in Amsterdam und wurde in beiden Instrumenten mit dem Prix d’Excellence ausgezeichnet. Von Anfang an charakterisierten seinen Stil das Interesse an authentischen Musikinstrumenten und an der historischen  Aufführungspraxis. Fasziniert vom Barock-Zeitalter, gründete Koopman, fünfundzwanzigjährig, sein erstes Barock Orchester, 1979 schließlich das Amsterdam Baroque Orchestra, dem 1992 der Amsterdam Baroque Choir folgte.   
                                     
Im Verlauf seiner Karriere war Ton Koopman an allen bedeutenden Konzerthäusern und Festivals der Welt zu Gast. Als Organist spielte er auf den wertvollsten historischen Instrumenten Europas; als Cembalist und Dirigent des Amsterdam Baroque Orchestra & Choir war er zu sehen im Concertgebouw Amsterdam, Théatre des Champs-Elysées Paris, Musikverein und Konzerthaus Wien, Berliner Philharmonie, Lincoln Center und Carnegie Hall in New York, Suntory Hall Tokyo, und gastierte in London, Brüssel, Madrid, Rom, Salzburg, Kopenhagen, Lissabon, München, Athen.

Als Gast-Dirigent blickt Koopman auf die Zusammenarbeit mit den bedeutendsten Orchestern weltweit zurück, darunter: Royal Concertgebouw Amsterdam, Berliner Philharmoniker, BR-Orchester München, DSO Berlin, Tonhalle Orchester Zürich, Orchestre Philharmonique de Radio France, Wiener Symphoniker, Boston Symphony, Chicago Symphony, New York Philharmonic, San Francisco Symphony, sowie das Cleveland Orchestra, wo er ab 2011 für drei Jahre Artist-in-Residence sein wird. 

Zahlreiche CD/DVD-Aufnahmen dokumentieren Ton Koopman’s umfangreiche Tätigkeit als Solist und Dirigent; er nahm unter anderem für Erato, Teldec, Sony, Philips und die Deutsche Grammophon auf. Schließlich gründete er sein eigenes Label „Antoine Marchand“ (Challenge Records).
Während der Jahre 1994 bis 2004 realisierte Ton Koopman die Gesamtaufnahme aller Kantaten von Johann Sebastian Bach. Dieses umfangreiche und ehrgeizige Projekt wurde mit dem Deutschen Schallplattenpreis Echo Klassik, dem Prix Hector Berlioz und dem BBC-Award ausgezeichnet, außerdem für den Grammy Award (USA) sowie den Gramophone Award (UK) nominiert.
Im Anschluss daran startete Ton Koopman sein nächstes Großprojekt: die Einspielung des Gesamtwerks Dietrich Buxtehudes. Diese Reihe wird mit einem Umfang von 30 CDs im Jahr 2010 vollendet sein. Ton Koopman ist Präsident der “International D. Buxtehude Society”.

Ton Koopman ist Autor vieler Fachartikel und Bücher und über Jahre hinweg war er mit der Edition der gesamten Orgelkonzerte Händels für Breitkopf & Härtel betraut; erst kürzlich hat er Händels Messias sowie Buxtehudes Das Jüngste Gericht im Carus Verlag herausgebracht.

Neben einem Lehrstuhl für Cembalo am Konservatorium von Den Haag, ist er Professor an der Universität von Leiden, sowie Ehren-Mitglied der Royal Academy of Music in London. 

Ton Koopman ist künstlerischer Leiter des französischen Festivals Itinéraire Baroque.